Trong tương lai, công nghệ cyborg hóa đã tạo ra những cơ thể hoàn chỉnh, kết hợp giữa con người và máy móc, mang lại sức mạnh vượt trội. Tuy nhiên, cả phe thiện và ác đều sở hữu những công nghệ tiên tiến này, làm cho cuộc chiến giữa hai thế giới trở nên tàn khốc hơn bao giờ hết. Tại Nhật Bản, Đội 9, một lực lượng độc lập và không chính thức do Daisuke Aramaki và Motoko Kusanagi lãnh đạo, được thành lập để đối phó với tình hình này. Trong phần phim này, Đội 9 bị cuốn vào vụ án bí ẩn mang tên "Người Đàn Ông Cười," nơi nhiều ẩn số và khúc mắc sẽ được dần hé lộ...
