Trong một thế giới nơi những sinh vật có khả năng sao chép bản thể và trở thành người bình thường, được gọi là WORM, đã xuất hiện. Để đối phó với sự ma mãnh và khát máu của chúng, Tổ Chức ZECT được thành lập nhằm ngăn chặn các WORM. Tổ chức này sử dụng đội quân Shadow và những thiết bị hình bọ có khả năng chuyển hóa thành Kamen Rider, được gọi là ZECTER. Câu chuyện xoay quanh Tendou Souji - Kamen Rider Kabuto, mang đến những tình tiết gây cấn và sâu sắc khi anh lần đầu đối mặt với một bản thể khác của chính mình từ tương lai. Đồng thời, anh cũng phải thực hiện nhiệm vụ tìm hiểu về vụ va chạm thiên thạch diễn ra 7 năm trước.
