Năm 2015, thành phố Tokyo-3 bị đe dọa bởi sự xuất hiện lần thứ hai của những sinh vật hung tợn mang tên Angel. Nhân loại đặt tất cả hy vọng vào Evangelion, cỗ máy chiến đấu khổng lồ do NERV phát triển, nhằm chống lại sự tấn công của chúng. Tuy mạnh mẽ, Evangelion chỉ có thể được điều khiển bởi những thanh thiếu niên đặc biệt, những người được sinh ra 14 năm sau khi Angel lần đầu xuất hiện. Số phận của nhân loại treo lơ lửng, và cuộc chiến cam go giữa con người và Angel bắt đầu!
