Nghịch Thiên Chiến Kỷ kể về hành trình của Ngô Nhiên, một nhân vật bị xem là phế vật, trong một trận chiến định mệnh. Trong lúc bị thương nặng, Ngô Nhiên vô tình kích hoạt hệ thống Thánh Hồ Đầu Tử (xúc xắc), từ đó giành được kỹ năng Thần Đầu kỳ dị. Với sức mạnh mới này, anh đã giải cứu tiểu sư thúc và đánh bại nữ tu tiên giả Nghê Sa, người sau đó lại cảm mến Ngô Nhiên và muốn đưa anh về tông môn.
Khi Nghê Sa cùng Bạch Long vương tấn công thành trì địa cầu để chiếm đoạt càn khôn chi bảo, Ngô Nhiên đã thể hiện tài năng và sức mạnh vượt trội, đánh bại Nghê Sa và bảo vệ thành trì khỏi sự xâm lăng. Câu chuyện không chỉ là một cuộc chiến mà còn là hành trình khám phá bản thân và những mối quan hệ phức tạp giữa các nhân vật.