Để trở thành "Last Ninja" theo di sản của ông Igasaki Yoshitaka, năm người cháu đã thừa hưởng ý chí mạnh mẽ của ông. Kẻ thù của họ là Quân đoàn Kibaoni Gengetsu cùng với các Youkai, những sinh vật huyền bí đang tìm cách thu thập nỗi sợ hãi nhằm hồi sinh chủ nhân của chúng. Đồng hành cùng họ là một ninja cao bồi đến từ Mỹ, và cả nhóm hình thành nên Shuriken Sentai Ninninger. Với khẩu hiệu "Những Shinobi nhưng không ẩn mình!" (忍びなれども忍ばない Shinobi nare domo shinobanai?), họ quyết tâm chiến đấu chống lại Quân đoàn Kibaoni Gengetsu, tiêu diệt các Youkai và thu thập lại các Shuriken bị phong ấn.
