Trong chuyến thăm tòa tháp đôi Nishitamashi, cao nhất Nhật Bản, Conan và Haibara cùng đội thám tử nhí đã bất ngờ gặp phải ba vụ án mạng bí ẩn. Mỗi vụ án đều có điểm chung là một chiếc tách sake được để lại hiện trường. Trong khi đó, sự xuất hiện của Gin và Vodka – những thành viên của tổ chức áo đen – đã làm tình hình trở nên căng thẳng khi họ phát hiện dấu vết của Haibara Ai và đặt bom trong tòa tháp đôi nhằm tiêu diệt mọi thông tin liên quan đến tổ chức. Haibara và đội thám tử nhí rơi vào tình thế nguy hiểm với những quả bom đang đếm ngược. Conan sẽ phải sử dụng tất cả khả năng của mình để giải cứu Haibara và nhóm bạn, đồng thời điều tra danh tính hung thủ đứng sau ba vụ án mạng này.
