"Ngươi sẽ phải trả giá cho bốn năm kiêu ngạo của mình..." Đây là nội dung của một bức thư đe dọa mà thống đốc Tokyo nhận được ngay sau khi ông tái đắc cử. Ngày hôm sau, ông bị phát hiện trong một vụ tai nạn thảm khốc – một vụ nổ xảy ra trong hệ thống đường tàu điện ngầm vừa mới đi vào hoạt động.
Conan và các bạn nhanh chóng đến Niigata để hỗ trợ cảnh sát điều tra vụ án. Khi vừa bắt tay vào việc, Conan phát hiện một người hôn mê bất tỉnh trong một trận tuyết rơi dày, người này đã không tỉnh lại suốt nhiều năm và không nhớ gì về những sự kiện trước đó. Liệu có mối liên hệ nào giữa vụ nổ trong hệ thống tàu điện ngầm và người vừa được tìm thấy?