Một người đàn ông bí ẩn đã mời thám tử Mori Kogoro đến Yokohama, kéo theo sự tham gia của Ran, Conan và nhóm thám tử nhí. Tuy nhiên, chuyến đi này nhanh chóng trở thành một cái bẫy khi Ran và các bạn nhỏ bị bắt giữ làm con tin. Tên tội phạm giao cho Kogoro một nhiệm vụ khó khăn: giải quyết một vấn đề trong vòng 12 tiếng. Nếu không hoàn thành, quả bom gắn trên người Ran và những người khác sẽ phát nổ.
Tên tội phạm còn tiết lộ rằng Conan chính là Kudo Shinichi, tạo thêm áp lực cho nhóm. Trong khi đó, Hattori Heiji và Kaitou Kid cũng xuất hiện, làm cho tình hình trở nên căng thẳng hơn. Ai sẽ là kẻ đứng sau âm mưu này? Liệu Conan và các thám tử nhí có đủ thông minh để giải quyết tình huống và cứu Ran kịp thời không?
