Mười lăm năm trước, con tàu du lịch "Yashiromaru" do tập đoàn Yashiro chế tạo đã bị đắm trong một chuyến hành trình. Hiện tại, con tàu mới mang tên "Saint Aphrodite" cũng thuộc tập đoàn Yashiro đang chuẩn bị cho chuyến khởi hành. Conan, Ran, Sonoko, ông Mouri và nhóm thám tử nhí được mời làm khách trên tàu, với hy vọng có một chuyến du lịch biển thú vị.
Tuy nhiên, không lâu sau khi rời bến, những vụ án mạng đã xảy ra trên tàu. Ai là kẻ gây ra những tội ác này? Mục đích thực sự của hung thủ là gì? Conan và nhóm thám tử nhí sẽ phải vận dụng hết khả năng để điều tra và phanh phui danh tính của tên tội phạm này trước khi quá muộn.
